Los arrecifes coralinos constituyen un ecosistema complejo, que se desarrolla en aguas cálidas marinas, de poca profundidad, claras e iluminadas y fundamenta su crecimiento en el desarrollo de corales pétreos (celenterados sésiles de los ordenes Scleractinia y Milleporina, capaces de producir esqueletos de carbonato de calcio). Son uno de los ecosistemas biológicamente más productivos del mundo, a pesar de crecer en aguas pobres en nutrientes.
Los arrecifes coralinos son construcciones de carbonato de calcio resistentes al oleaje producto del lento crecimiento de cientos de especies diferentes, en especial los corales escleractínios. Por la complejidad de los arrecifes en cuanto a su topografía sirve de refugio y sustrato a un gran número de especies; por lo que por su complejidad, biodiversidad y productividad han sido comparados con los bosques húmedos tropicales (Connell, 1978).

El Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina tiene una de las zonas arrecifales más grandes en extensión de Colombia, donde se pueden encontrar más de cincuenta (50) especies de corales escleractíneos, 40 de octocorales y 100 de esponjas (Díaz et al., 2000).

Los arrecifes de San Andrés se pueden dividir en 4 grandes complejos arrecifales que son: terraza prearrecifal de barlovento, arrecife de barrera, terraza lagunar y laguna, y formaciones coralinas del costado occidental de la isla (Díaz et al., 1996). El área del complejo arrecifal de San Andrés es de 97.5 km2 y el área de de cobertura coralina viva relevante es de 44.7 km2.

Las unidades ecológicas mejor representadas son Costras de coral sobre roca con 9.6 km2 característico de zonas someras expuestas al oleaje, Acropora palmata-Diploria strigosa con 0.5 km2, ambientes de oleaje moderado, la cresta de las formaciones al interior de la laguna, Octocorales-Corales mixtos con 13.4 km2 característica de la parte profunda de la terraza prearrecifal, Corales mixtos con 13.7 km2 predominan los corales pétreos de crecimiento masivo como Montastraea spp. Diploria spp. Siderastrea siderea, y ramificados como Porites porites, Acropora cervicornis y foliares Agaricia spp., – Corales mixtos con 6 km2 esta compuesta por varias especies del genero Agaricia y especies masivas como Montastrea franksi, M. cavernosa es típica de vertientes muy inclinadas que incluyen los taludes externos (Díaz, et al, 2000).

La degradación de los arrecifes es un fenómeno de ocurrencia mundial, tanto en áreas pobladas y despobladas (Wilkinson, 2000), mucha de ella a causa de agentes de distribución mundial como las enfermedades (Santavy & Peters, 1997), blanqueamiento (Brown, 1997), mortandades masivas y proliferación de algas. Para el Caribe occidental se ha reportado pérdida de los recursos coralinos por sobrepesca, principalmente en los arrecifes de zonas con altos índices de pobreza y baja calidad de vida, y en áreas con alto desarrollo deinfraestructura en la línea de costa (Woodley, et al., 2000). San Andrés presenta signos de deterioro por la suma de los fenómenos nombrados anteriormente además de factores naturales como la ocurrencia de huracanes y tormentas, el sobrecalentamiento del agua y los antropogénicos propios de la isla como son: la sobrepesca, extracción de sourvenirs, vertimiento de aguas negras, rellenos y construcciones sobre el litoral, dragados, derrame de hidrocarburos, daño físico por transito de embarcaciones, buzos y bañistas (Díaz et al., 1995; 1996, Zea et al., 1998).

En general los arrecifes de San Andrés han estado sometidos a estrés constante desde los años 70’s, lo que ha contribuido a su degradación, sin embargo en unas pocas zonas en los últimos años se ha presentado una recuperación en la cobertura coralina viva que podría asociarse con la recuperación de las poblaciones del erizo negro, Diadema antillarum, o como proponen algunos autores a la dinámica de los arrecifes que después de grandes mortandades y degradación comienzan su recuperación (Geister, 2001).

Los arrecifes coralinos de San Andrés isla presentan, al igual que los arrecifes del Caribe, un deterioro progresivo, pero de igual magnitud en los últimos tres (3) años. Dicho deterioro se manifiesta en la disminución de cobertura de corales entre 15 al 31%, el incremento de cobertura de algas y de sustrato inerte (en los rangos de 28-66% y 9-59% respectivamente).
Adicionalmente las abundancias de especies de peces de interés comercial y ecológico son bajas (menores a 1 ind/60m2), en comparación con los obtenidos en la costa continental (Bahía Chengue). La incidencia de blanqueamiento es menor a la de la costa continental (0.6-3.1%), pero la presencia de enfermedades es mucho mayor (3.4-8.6%).

La barrera arrecifal de la Isla de Providencia es la más extensa de Colombia y la segunda en Caribe, con una longitud de 20 Km. y cuya laguna cubre unas 2.400 Has. El área total de complejo arrecifal de Providencia y Santa Catalina es de 285,2 km2 y el área de cobertura coralina viva relevante es de 124.9 km2. Los tipos de formaciones arrecifales que aquí se encuentran: complejo arrecifal oceánico con barrera, pináculos, arrecife de borde, de plataforma insular, arrecife de franja y parches lagunares. Las unidades ecológicas mejor representadas son algas pétreas- Millepora complanata-Zoanthideos con 17.1 km2 una franja o cinturón somero en las crestas de los arrecifes expuestos a fuerte oleaje en el flanco de barlovento, Arena-Escombros coralinos con 60.5 km2 fondos cubiertos por arenas gruesas calcáreas y escombros coralinos en la zona de sotavento detrás de las crestas de arrecifes franjeantes, periféricos y de barrera, Costras de coral sobre roca con 16.8 km2 característico de zonas someras expuestas al oleaje, Acropora palmata – Diploria strigosa con 5.2 km2 constituyen la cresta de las formaciones al interior de la laguna, Octocorales-Corales mixtos con 54.6 km2 característica de la parte profunda de la terraza prearrecifal, Octocorales-Esponjas con 4.1 km2 hábitat dominado principalmente por sedimentos y escombros sobre los que se desarrollan octocorales y esponjas como Plexáuridos, Pseudoplexáuridos, esponjas barril, copas y masa del genero Ircinia, Agaricia spp. –Corales mixtos con 20.5 km2 esta compuesta por varias especies del genero Agaricia y especies masivas como Montastrea franksi, M. cavernosa es típica de vertientes muy inclinadas que incluyen los taludes externos, Praderas de fanerógamas con 16 km2, bioturbados-algas calcáreas con 55.3 km2 fondos cubiertos de arenas y limos calcáreos en ambientes de baja turbulencia, Algas sobre escombros con 4.8 km2 componente principal algas sobre escombros de Acropora palmata, A. cervicornis y Porites porites (Díaz, et al, 2000).

En las Islas de Providencia y Santa Catalina se presentó la amenaza del daño físico por embarcaciones con un grado alto, lo cual se puede atribuir a las diferentes actividades turísticas, pesqueras y de transporte de materiales desarrolladas en las Islas de Providencia y Santa Catalina. Dentro de las cuales se pueden enumerar el tránsito con lanchas y otros botes de navegación, los daños por anclas y el encallamiento de embarcaciones. Evidencias de los efectos degradativos por daño físico por embarcaciones están documentadas para las islas. En cuanto al daño físico por anclas, se presenta como una de las amenazas de nivel alto, más que San Andrés puesto que la disponibilidad de áreas arenosas es menor. El 75% de las salidas de buceo producen incidentes de anclaje, donde 46,22% de las coberturas son vivas diferentes a alga (Gallo & Martínez, 2002). Adicionalmente se debe tener en cuenta el efecto del huracán Beta, el cual azoto a las isla en el 2005, genererando daños a este ecosistema, según los resultados del monitoreo ERA realizado posterior al evento la cobertura vario en promedio un 8,54%, siendo la zona mas afectada Twin shoal con 20% de cobertura afectada y la que presento menor afectación fue la de pináculos activos con 1%. Por el efecto de este fenómeno se observo un blanqueamiento del 6,09% en promedio para las 11 zonas, siendo la de bar la mas afectada con un 205 de afectación y la de menor de more bar con 1%. (Peñaloza, Posada Y Howard 2005); sin embargo, en el monitoreo del año 2005 no observa que la cobertura de la mayoría de componentes bentónicos se mantuvo estable. Adicionalmente los arrecifes coralinos del Archipiélago no muestran una gran afectación por enfermedades coralinas ni blanqueamiento debido a que según los porcentajes de coral sano superaron el 80% en la mayoría de cabezas de coral observadas, pero aun así se encuentran varias especies afectadas por manchas oscuras y grandes signos de deterioro en donde sobre sale la competencia con algunas especies de algas calcáreas y frondosas (Orozco 2006).

Los arrecifes de San Andrés y Providencia que se encuentran actualmente soportan una serie de amenazas que los tienen sometidos a una vulnerabilidad media y baja respectivamente, las cuales pueden disminuir o mantenerse si el cumplimiento de las reglamentaciones, normas y leyes se vuelven más estrictas. Además es primordial continuar con los procesos educativos dirigidos a los diferentes grupos y usuarios de la comunidad de los ambientes marinos, quienes a veces por desconocimiento de la importancia de los mismos como fuente de recursos de consumo, económico, y como de protección para la zona costera no lo conservan y mantienen de forma adecuada. (Pizarro, 2002c y García, 2002).